Vou fazer algumas perguntas, só pra ter um contexto melhor.
1) Os barcos possuem canhões ou são medievais mesmo?
2) O grupo todo é treinado em navegação ou não?

Independente, parte do problema é fazer com que todos sejam uteis no combate.

Poderíamos ter um jogador responsável por pilotar o navio, fazendo testes para esquivar de obstáculos e de fogo inimigo.

Poderíamos ter jogadores responsáveis pela artilharia, fazendo testes para acertar disparos voleios (sejam de flechas ou balas de canhão) a navios inimigos.

Poderíamos ter um jogador no mastro, fazendo testes para localizar navios inimigos e obstáculos - podendo marcar um alvo por turno, dando um bônus a qualquer teste de ataque ou esquiva relacionado à aquele alvo por 1 turno.

Poderíamos ter um jogador como capitão, fazendo testes para motivar a tripulação e manter a ordem - ele poderia dar 1 ordem por turno, dando um bônus em testes que cumprissem essa ordem e penalidades e testes que quebrassem essa ordem (Ex: "Capitão - Disparem no navio a bombordo!" Qualquer personagem que disparasse contra esse navio receberia +2 no teste, qualquer personagem que decidisse desobedecer a ordem e atirar em um navio a estibordo receberia -2 no teste).

E poderíamos ter jogadores responsáveis por manter a embarcação funcionando, fazendo testes para costurar velas e consertar buracos.

Sobre os navios, eu daria uns pontos de vidas para eles baseando-se no tamanho (Pequeno: 100/ Médio: 200/ Grande: 300) e diria que o tamanho influencia os testes de pilotagem (Pequeno: +2/ Médio: 0/ Grande: -2) para esquivar-se de disparos e obstáculos.

Se você quiser dar uma Defesa para o navio ao invés de pedir por testes de esquiva, eu usaria essa fórmula: Defesa = 8 + Agilidade do Piloto + Bônus de Tamanho

cara da uma olhada no guia do pirata que eu criei talvez poça te ajudar

SentokiHanta os navios usam canhões e são basicamente navios do período das grandes navegações. E quanto trabalho dos tripulantes eu pedi aos jogadores durante a criação de personagens que escolhessem seus papéis na tripulação e eles escolheram as seguintes cargos: médico (Cuida da tripulação), carpinteiro (conserta o barco), capitão (comanda a tripulação)

Acho que o problema é que vocês pensaram em cargos mais gerais, que são importantes para a tripulação no geral, mas não especificamente em combate (Ex: Médico - É importante para manter a saúde dos tripulantes em dia e para cuidar dos feridos após combate, mas durante o combate em si não é muito útil).

Acho que vocês poderiam fazer com que todos os jogadores possuíssem dois cargos. Um "Cargo Geral" (Ex: Cartografo, Capitão, Carpinteiro, Médico, Pescador, Imediato, Batedor, etc.) e um "Cargo de Combate" (aqueles que eu falei).

Eu tenho um mecânica de combate navais, porem não esta 100% completa. Segue o link se tiver interesse:
Regras) https://drive.google.com/open?id=1mxdSrfrqSOsB0I1hWLiQ5B1OicnHY7X4
Ficha) https://drive.google.com/open?id=1-XEE-3qYRiMS7oZcGqNBTvqeTh9KCc_u